Pelatihan RPJMD Tahap 2, yang merupakan tindak lanjut dari pelatihan RPJMD Tahap 1, dilaksanakan pada 4 – 7 Desember 2006 dengan pembahasan mengenai Rencana Infrastruktur dalam Pembangunan Daerah dengan tujuan agar peserta dapat memahami secara utuh bagaimana penyusunan program pembangunan daerah jangka menengah yang didukung dengan perencanaan infrastruktur yang tepat. Materi dalam pelatihan ini mencakup pengembangan infrastruktur dan pembangunan daerah; kajian pertumbuhan sosial, ekonomi dan keruangan; konsep rencana tata ruang dan masterplan infrastruktur serta penyiapan program infrastruktur kota.